Конформациялық энтропияның жоғалуы ақуыздың қатпарлануының термодинамикасындағы үлкен үлес Дегенмен, мөлшерді дәл анықтау қиынға соқты. Біз бұл шығынды табиғи ақуыздың да, денатуратталған нақты ансамбльдің де молекулалық динамикалық модельдеулері арқылы есептейміз.
Конформациялық энтропиялық ақуыз дегеніміз не?
Конформациялық энтропия - молекуланың конформация санымен байланысты энтропия. … Ақуыздарда негізгі екібұрышты бұрыштар мен бүйірлік тізбек ромерлер параметр ретінде пайдаланылады, ал РНҚ-да негізді жұптастыру үлгісі пайдаланылуы мүмкін.
Қайсысының конформациялық энтропиясы қатпарлы белок немесе қатпарланбаған белокқа ие?
Полипептидтік тізбектің конформациялық энтропиясы қатпаған күйге үшін анағұрлым шектелген конформациялық кеңістікпен сипатталатын ықшам қатпарланған күймен салыстырғанда үлкенірек. Сондықтан бұл үлес ашылған күйді тұрақтандырады (ΔSconf > 0).
Ақуыз конформациясын не анықтайды және ақуыздың қатпарлануымен байланысты қандай мәселе бар?
Белоктың бастапқы құрылымы, оның сызықтық аминқышқылды реттілігі оның табиғи конформациясын анықтайды. Белгілі бір аминқышқылдарының қалдықтары және олардың полипептидтік тізбектегі орны белок бөліктері бір-бірімен тығыз бүктелетін және оның үш өлшемді конформациясын құрайтын анықтаушы факторлар болып табылады.
Белоктың қатпарлануына қандай факторлар әсер етеді?
Протеинді қатпарлау - бұл электр және магнит өрістері, температура, рН, химиялық заттар, кеңістік шектеуі және молекулалық толып кету сияқты бірнеше сыртқы факторлар әсер ететін өте сезімтал процесс. Бұл факторлар протеиндердің дұрыс функционалдық пішіндерге айналу қабілетіне әсер етеді.
