Метагеномика қоршаған орта үлгісімен қамтылған геномдардың тікелей генетикалық талдауы ретінде анықталады Өріс алдымен қоршаған орта ДНҚ-сын клондаумен басталды, содан кейін функционалды экспрессиялық скрининг [1], содан кейін ол қоршаған ортадағы ДНҚ-ның тікелей кездейсоқ шолақ мылтық секвенциясымен тез толықтырылды [2, 3].
Метагеномика дегеніміз не?
Метагеномика қауымдастықтағы барлық микроорганизмдерден ДНҚ алуды қамтиды, міндетті түрде барлық қатысатын түрлерді анықтаусыз. Гендер реттелгеннен кейін және анықталған реттіліктермен салыстырылғаннан кейін бұл гендердің функцияларын анықтауға болады.
Метагеномикада қандай әдіс қолданылады?
Микробтық қауымдастықтың үлгісі теңіз суынан, шөгінділерден, иесі жануардан немесе басқа теңіз мекендеу ортасынан жиналады. Содан кейін жиналған жасушалар лизиске ұшырап, олардың лизатынан ДНҚ алынады. Метагеномиканы мүмкін ететін әдіс - шолақ мылтық секвенциясы, ол ДНҚ-ның кездейсоқ аймақтарын мақсатсыз түрде тізбектейді.
Метагеномиканы зерттеудің 3 қадамы қандай?
Метагеномика қадамдары мен процесі:
- Үлгі жинағы:
- ДНҚ экстракциясы:
- Үлгі дайындау:
- Талдау үлгісі:
Функционалдық метагеномика қалай орындалады?
Функционалдық метагеномика кодталған ақуыздардың функцияларын зерттеу үшін микробтық қауымдастықтардан ДНҚ-ныоқшаулауды қамтиды. Ол ДНҚ фрагменттерін клондау, гендерді суррогат қожайынында экспрессиялау және ферментативті әрекеттерге скринингті қамтиды.
