Гомологияны модельдеу шаблон мен мақсатты реттілік арасындағы ұқсастыққа негізделген мақсатты ақуыздың үш өлшемді құрылымын алады және бұл әдіс мембраналық ақуыздарды зерттеуге келгенде тиімді екенін дәлелдеді. GPCR сияқты кристалдану қиын, себебі ол …
Гомологиялық модельдеу дегеніміз не және ол не үшін қажет?
1.2.
Гомологиялық модельдеу сенімді құрылымдық үлгілерді жасаудың ең дәл есептеу әдісі және көптеген биологиялық қолданбаларда жиі пайдаланылады. Гомологиялық модельдеу үлгі ақуыздарының реттілігі арқылы сұрау ақуызының 3D құрылымын болжайды.
Гомология Модельдеу принципі қандай?
Гомологиялық модельдеу салыстырмалы модельдеу ретінде белгілі құрылымдармен реттілік гомологиясына негізделген ақуыз құрылымдарын болжайды. Ол " егер екі белок жеткілікті жоғары реттілік ұқсастығын бөліссе, олардың үш өлшемді құрылымдары өте ұқсас болуы мүмкін" деген принципке негізделген.
Гомологияны жақсы үлгілеуге не мүмкіндік береді?
Егер эмпирикалық құрылымнан <=2 Å rmsd болатын «өте сәтті гомология үлгісін» анықтасақ, үлгіде табысқа жету мақсатымен >=60% реттілік сәйкестігі болуы керек мөлшерлеме >70% Тіпті жоғары реттілік сәйкестіктерінің өзінде (60%-95%), он гомологиялық үлгілердің бірінде rmsd >5 Å қарсы болады
Төмендегілердің қайсысы гомологияны модельдеуге қатысты дұрыс?
Түсіндіру: Аты айтып тұрғандай, гомологияны модельдеу белгілі құрылымдармен реттілік гомологиясына негізделген белок құрылымдарын болжайды Гомологиялық модельдеу үлгі белоктарымен теңестіруге негізделген барлық атом үлгісін жасайды.… Туралау қадамында жасалған қателерді келесі модельдеу қадамдарында түзету мүмкін емес.
